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分子细胞卓越中心建立基于CRISPR-Cas13技术的环形RNA功能筛选新方法

2022-08-09 分子细胞科学卓越创新中心
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  Nature Protocols在线发表了新浦京www81707con分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究组撰写的研究论文(Screening circular RNAs with functional potential using the RfxCas13d/BSJ-gRNA system)。该研究阐释了研究组建立的基于CRISPR-Cas13技术的环形RNA筛选新方法。

  环形RNA是一类共价闭环的单链RNA,细胞内大多数环形RNA是由mRNA前体的外显子通过反向剪接形成。除反向剪接位点(BSJ)外,环形RNA在序列上与其同源的线形RNA在一级序列上完全一致,因此,在研究环形RNA功能时如何将其与同源线性RNA的功能区分开来是该领域的难题之一。陈玲玲研究组前期开发并优化了基于CRISPR-Cas13的RNA编辑技术,能够特异性敲除靶标环形RNA,而不影响其同源线性RNA的表达,并应用在环形RNA的大规模功能筛选上(Li et al., Nature Methods, 2021)。基于CRISPR-Cas13在环形RNA功能研究上的技术成果,研究组受Nature Protocols邀请,论述该技术的实验方法和流程以期推动该技术在环形RNA功能研究领域的应用。

  在该实验方法中,科研人员阐释了环形RNA BSJ位点的前导RNA(gRNA))文库设计和构建、RfxCas13d稳定表达细胞系构建、细胞水平和体内水平的功能性环形RNA筛选以及筛选结果的计算分析流程等。此外,研究也阐明了实验过程中可能遇到的问题与注意事项。该方法为环形RNA的功能研究提供助力,并为剖析环形RNA奠定新的技术基础。

  研究工作得到科技部、中科院和国家自然科学基金的支撑。

  论文链接 

基于CRISPR-Cas13技术的环形RNA功能筛选流程

打印 责任编辑:侯茜

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